Die Detective Boys, Kogoro, Ran und Sonoko machen Urlaub in Kyoto. Dort besuchen sie, mit Ausnahme von Kogoro, zu aller erst ein Schokoladen-Geschäft, um dort regionale Schokolade zu erwerben. Doch leider sind die sogenannten "Kyoto Vögel" auf merkwürdige Weise verschwunden. Die Verkäuferin ist sich jedoch ziemlich sicher, dass am heutigen Morgen 40 Kisten von diesen geliefert wurden. Kurz darauf erscheint Kozo Umehara, der zuständige Lieferant und erzählt, dass auch viele der anderen Geschäfte keine Schokolade mehr haben. Herr Umeharas Angestellte können sogar noch weitere Geschäfte ausfindig machen, denen die Schokolade ebenfalls gestohlen wurde. Auch...