Мрачная нерассказанная история Steins;Gate, в которой эксцентричный безумный ученый Окабе пытается прийти в себя после неудачной попытки спасти Курису. Он решает сдаться и отказывается от своего живого ученого альтер-эго, стремясь забыть прошлое. Когда все вроде бы нормально, его возвращает в прошлое знакомый Курису, который рассказывает ему, что они начали тестировать устройство, которое хранит память человека и создает его симуляцию с характерными чертами и личностными особенностями. Окабэ начинает испытания и обнаруживает, что симуляция Курису принесла страдания и новые неожиданные трагедии. Zero - это побочная история, которая исследует события из будущего Бета-аттракторного поля, способствующие тому, что конец оригинальной истории стал возможен.