Den sjätte säsongen av NCIS hade premiär den 23 september 2008. Och det som ytterst skedde under säsongen var att den nya NCIS chefen Leon Vance (Rocky Carroll), och man introducerade en ny återkommande rollfigurer i NCIS Agenten Michelle Lee. Och man avslutar förra säsongens cliffhanger med att både McGee, Ziva och Tony åter ingår i Gibbs team.
