Rocko freut sich darauf, bald seine Heimatstadt Mamoria City zu besuchen. Plötzlich entdecken er und seine Freunde eine Schar Altaria und Wablu, die sich merkwürdig verhalten und ziellos umherfliegen. Zusammen mit ihrer Freundin Solana, einer Pokemon Rancherin, versuchen unsere Helden hinter das Geheimnis dieses merkwürdigen Verhaltens zu kommen. Auch Pikachu und Solanas Plusle zeigen ungewöhnliche Symptome. Unsere Freunde entdecken geomagnetische Störungen, können aber nicht die Ursache dafür herausfinden. Schwester Joy gibt ihnen eine Karte mit den genauen Koordinaten eines Ortes, an dem vor 10 Jahren ein Meteorit heruntergekommen ist und an dem Professor Lund ein Deoxys gesichtet hat. Deoxys ist ein Pokemon, das wahrscheinlich aus dem Weltall stammt und diese Störungen verursacht. Sie finden die Höhle mit dem Meteoriten, und Deoxys erscheint ihnen. Irgendetwas scheint es zu belasten.
