Rojo llega a la ciudad de Saffron para encontrar pistas del Equipo Cohete por todas partes. Cuando rescata a una secretaria de Silph Co., se entera de que el Equipo Rocket se ha hecho cargo de la empresa! Esto se debe a su deseo de tener en sus manos la Master Ball, la última Poké Ball que ha estado en desarrollo durante años. Sin embargo, una sorpresa más le espera a Red en la ciudad de Viridian, ¡y puede que sea la más grande hasta ahora!