“…What does the heart mean to you?” “Our aim is to annihilate all of humanity.” D'après les calculs de l'Archive, la base de données intégrée de l'IA, l'humanité est désormais au bord de l'extinction. Alors que le compte à rebours vers l'extinction de l'humanité commence, Vivy et Matsumoto décident d'unir leurs forces avec leur ennemi juré, Toak, afin de planifier une stratégie pour s'introduire dans Arayashiki, le cœur de l'Archive. Cependant, Matsumoto remarque une solution possible qu'il présente à Vivy, après qu'elle ait été contactée par l'Archive.