A harmadik évadban, három évvel azután, hogy sikerült elhárítania a háború veszélyét három közel-keleti országgal, Jack visszatér egy egyéves titkos küldetésből, amelynek során a Salazar drogkereskedő családba épült be. Ugyanekkor egy furgonból egy biológiai fegyverrel megfertőzött testet dobnak a Nemzeti Egészségügyi Szolgálat (National Health Services) ajtaja elé. Ezután a CTU telefonhívást kap, amelyben a vírus szabadon eresztésével fenyegetnek, ha Ramón Salazart nem eresztik szabadon hat órán belül. Jack új partnere Chase Edmunds, aki Jack szintén a CTU-nál dolgozó lányával jár. Jacknek meg kell küzdenie heroinfüggőségével is, melyre a drogmaffiába beépülve tett szert.
