A birodalom elleni győzelmük után a nindzsák új normális életet élnek át. Lloyd azon fáradozik, hogy lépést tartson a nindzsa, a mentor és a kolostor mestere feladataival. Leállítanak egy újabb MergeQuake-et, de a zavarok egyre gyakoribbak. Nya kutatása egy templomhoz és három sárkánymaghoz vezeti őket, amelyek végleg megállíthatják a rengéseket. Eközben Beatrix bosszút tervez, és azt tervezi, hogy ellopja a magokat fegyverként.
