Dopo la morte di King Kong, la benefica scienziata Lorna Jenkins ne realizza un clone, combinando il DNA dell'originale con quello del nipote Jason, e riportandolo sull'Isola del Teschio per proteggerlo dal mondo. Diciotto anni più tardi suo nipote Jason, ora studente universitario, e il suo amico Tan ricevono un'e-mail da Lorna che li invita sull'isola, sede della scienziata. Il loro insegnante Ramon De La Porta manomette l'e-mail, in modo che nel messaggio venga invitato pure lui. Arrivati sull'isola, Ramon svela i suoi veri interessi: rubare le 13 pietre magiche nascoste in un tempio dell'isola, che tengono imprigionato un antico demone chiamato Chiros. Ramon riesce a rubare alcune delle pietre, con cui è intenzionato a conquistare il mondo, causando la liberazione di Chiros. Jason e Tan incontrano in loro soccorso Kong, e una sciamana di nome Lua. Per impedire a Ramon di conquistare il mondo, Jason, Tan, Lua e Kong cominciano un viaggio intorno al mondo per recuperare le pietre.
