T-Bag riesce a farsi consegnare la borsa con la refurtiva con uno stratagemma, ma viene scoperto da Bellick e Sucre; Questi lo insegue ma non riesce a prenderlo. Intanto, Micheal e Lincoln si apprestano a salire sulla nave che li porterà in America Centrale. Sara sta guidando verso il porto per raggiungerli ma si accorge di essere inseguita; Così, quando Michael la chiama, per proteggerlo, lei mente dicendogli di essere già a bordo e di cercarla. Catturata da Mahone e gli altri, Sara non riferisce dove sono Lincoln e Michael permettendo ai due di partire. Quando Michael, non vedendo Sara sulla nave, intuisce cosa sta succedendo cerca di scendere per aiutare la ragazza ma suo fratello lo ferma per evitare che prendano anche lui. Sucre nel frattempo cerca in tutti i modi di liberarsi di Bellick. Gli ruba la pistola ma l'ex guardia gli riferisce di aver rapito Maricruz e che lui è l'unico a sapere dove si trova la ragazza e se gli succedesse qualcosa la ragazza morirebbe. Una settimana dopo, Mahone scopre nuovi indizi riguardo ai tatuaggi di Michael che gli potrebbero permettere di capire dove si trova. I nuovi indizi sono dei caratteri greci apposti nella sequenza in cui doveva svolgersi il piano di fuga da Fox River. L'ultimo carattere dell'alfabeto greco, Omega, è stato collegato da Michael ad una immagine di Cristo dentro una rosa con i numero 6-1-7 sul gambo. Mahone considera quei numeri come una data: 17 giugno. Kim ha un nuovo incontro con l'anziano uomo muto; Questa volta si incontrano su una canoa in mare a metri dalla riva e finalmente l'anziano si esprime a parole, conscio che l'audio in quella zona geografica era irrintracciabile e non registrabile. Mentre Sucre e Bellick non riescono a trovare nessuna traccia di T-Bag, questi uccide una prostituta con la quale se l'era spassata in un albergo, quando lei offende Susan; Quando T-Bag si allontana velocemente dall'albergo viene riconosciuto da un poliziotto venendo segnalato all'FBI. Lincoln e Michael arrivano a Panama e si recano in un negozio del posto dove una donna consegna loro una chiave ed una mappa. Michael, allontanando il fratello, cerca di chiamare Sara per controllare se è tutto a posto, ma Lincoln, accortosi della cosa, glielo impedisce. L'Agente Kim, intanto, informa Mahone che C-Note è ancora vivo e che è stato rilasciato, grazie all'intervento dell'Agente Wheeler, con il quale avrà un duro faccia a faccia. Sentendosi in pericolo, Mahone cerca di fuggire ma viene bloccato da Kim che lo informa dell'arresto di T-Bag e che questi, oltre ad essere diventato un bersaglio da non eliminare, potrebbe aiutarli nella cattura di Michael e Lincoln. Finalmente, Sucre e Bellick scoprono qualcosa di T-Bag: vengono infatti informati che un uomo di nome E. Stammel si trova a Panama. Micheal e Lincoln arrivano ad una imbarcazione. Una volta a bordo, viene svelato il mistero del numero 6-1-7: è la combinazione del lucchetto che blocca l'ingresso nella cabina. Michael, quindi, controlla se ci sono notizie su Sara su europeangoldfinch.com ma trova solo messaggi di Sucre e C-Note. Il messaggio di Sucre lo colpisce particolarmente: l'amico infatti lo informa della presenza di T-Bag a Panama. Nonostante Lincoln cerchi di bloccarlo, Michael decide di andare in città per catturare T-Bag, il quale sta cercando la prostituta adatta per sostituire Susan. I messaggi di Sucre erano in realtà di Mahone, pronto a partire per Panama e spacciatosi per il portoricano al fine di avvicinare Michael.
