Michael e Lincoln si dirigono verso Tooele, nello Utah, alla ricerca del Double K ranch dove è sepolto il denaro di Westmoreland. Un agente di polizia si reca nel motel dove è Tweener e chiede a Debra Jean se lo riconosce attraverso una foto; La ragazza mente affermando di non averlo visto e lascia a Tweener le chiavi dell'auto sapendo che di là a poco la abbandonerà su una strada. Sucre arriva a Las Vegas e riesce a parlare con la sorella di Maricruz convincendola a portare la ragazza da lui; Hector anticipa la promessa sposa ed allerta la polizia prima di confrontarsi con Sucre, il quale è costretto a lasciare la cappella dopo aver consegnato un pegno alla sorella di Maricruz per la compagna. Mahone appare interessato soprattutto a rintracciare Michael e viene alla luce la sua dipendenza da pillole calmanti. Kellerman riceve una visita da un agente dei Servizi Segreti di nome Bill Kim che appare molto interessato agli sviluppi nelle indagini. Sara riceve un nuovo origami da parte di Michael. Kellerman che trascorre la serata con lei lo nota immediatamente e inizia ad indagare sul numero impresso su di esso. C-Note che sta viaggiando su un treno nei pressi di Green River, è costretto ad abbandonarlo tuffandosi nel fiume, non prima però di aver cercato su internet l'indirizzo del Double K Ranch con le relative coordinate. Le ricerche di Michael e Lincon riguardo al ranch incontrano invece un ostacolo quando scoprono che qualcuno ha strappato la pagina dei registri catastali del comune dove è disegnata la mappa interessata. Poco dopo i due incontrano T-Bag che afferma che la mappa è nelle mani di Tweener, con il quale si era incrociato poco prima. Michael e Lincon chiudono T-Bag nel bagagliaio della loro auto e vanno alla ricerca di Tweener che era stato catturato da un negoziante locale che lo aveva riconosciuto. In realtà è T-Bag ad avere la mappa che, chiuso nel bagagliaio, ha il tempo di memorizzarla e di distruggerla ingoiandola. Il padre di Sara inizia ad avere delle supposizioni su quanto realmente successo a Lincoln ed a cosa voglia mettere in atto la Compagnia. Mahone, seguendo gli indizi recuperati dall'hard disk di Michael, è riuscito a risalire alla vera storia di D.B. Cooper, ovvero Westmoreland, ed intuisce le intenzioni dei fuggitivi di raggiungere lo Utah. Al ritorno di Michael, Lincon, e Tweener, T-Bag rivela loro di aver distrutto la mappa e di guidarli alla giusta posizione in cambio di una parte dei soldi; Si dirigono quindi verso il ranch, ma scoprono che la zona è divenuta nel frattempo una vasta zona residenziale.
