Doraemon, Dorami, Nobita, Shizuka, Gian e Suneo scoprono un'antica città sotterranea. Mentre sono all'esplorazione trovano un sarcofago che dovrebbe contenere il tesoro, ma è vuoto. Decidono quindi di tornare indietro nel tempo per saperne di più. Qui Gian, Nobita e Doraemon vengono imprigionati da un gruppo di indigeni della città di Bakaru, che li credono spie della città di Botaru. Inoltre Dorami, Suneo e Shizuka vengono ospitati a casa di una donna di Botaru. Poco dopo il gruppo apprende la verità tra le due città: esse prima avevano buoni rapporti ma ora non più perché, durante un rituale solenne, il giaguaro di giada (il tesoro sacro) scomparve, e ogni paese accusò l'altro come responsabile del furto; chiunque ritrovi il giaguaro diventerà sovrano delle due città.
