카자나리 츠바사와 유키네 크리스, 그리고 타치바나 히비키. 운명에 농락당한 소녀들은 FG식 회천특기장속 '심포기어'를 몸에 두르고 많은 싸움과 수많은 오해를 거쳐 결전의 땅에 집결했다. 우뚝 솟은 카딩기르가 겨누고 있던 것은 바랄의 저주[11]로서 인류의 상호이해를 방해하는 거대한 감시장치 '달'. 인류사의 뒤편에서 수천년에 걸쳐 암약해온 무녀 피네의 목적은 달을 파괴하고 신화시대의 '통일언어'를 되찾는 것이었다. 그러나 달의 파괴는 중력균형의 붕괴를 초래하는 행성규모의 재난을 불러일으키게 된다. 다가오는 위협 '루나어택'에 대항해 목숨을 불태운 소녀들의 절창은 하늘에, 가슴에, 드높게 울려 퍼지는 것이었다. 그로부터 약 3개월 후. 격렬한 전투 끝에 이지러진 달이 내려다보는 세계에서, 이야기는 다시금 움직이기 시작한다. 복잡하게 얽힌 세계정세속에서 일본정부가 보유한 '심포기어 시스템'은 아직까지 각지에서 관측되고 있는 인정특이재해 노이즈에 대한 대책수단으로서 기밀의 일부가 공개되었음에도 그 장착자에 관해서는 감추어진 상태이다. 일상을 보장받은 상태로 미일공동연구에 참가하는 심포기어의 장착자들. 언젠가 노이즈가 초래하는 재난을 없애고 세계무대에서 노래하고 싶다고 꿈꾸는 츠바사. 주어진 장소의 포근함에 친숙해지지 못하고 혼란스러운 나날이지만 서서히 타인과의 접촉을 받아들이기 시작한 크리스. 성유물과의 융합을 이루어 신영장류라 칭해지면서도, 조금도 변함없이 취미인 사람 돕는 일에 매진하는 히비키. 각자가 각자의 현재를 살아가는 와중에, 하나의 임무가 주어진다. 특이재해대책기동부와 미국 연방성유물연구기관이 최우선조사대상으로 하고 있는 완전성유물 '솔로몬의 지팡이'를 미군의 이와쿠니 기지까지 운송하는 것. 미일 양국간의 협력체제가 확립된 지금, 이렇다할 문제 없이 잘 수행되어야 할 작전이었지만 새로운 적들은 어두운 폭풍속의 밤을 틈타 바로 앞까지 몰려오고 있었다. 활짝 열린 바빌로니아의 보물고로부터 몰려오는 노이즈의 대군. 이질적인 물리법칙이 불러오는 파괴의 불협화음이 울리고 꿰뚫어나가는 듯 소녀의 노랫소리가 울려퍼진다. '그 이름은, 궁니르' 성유물과의 융합 증례 제1호, 타치바나 히비키의 포효였다. 통솔된 움직임으로 쇄도하는 노이즈의 무리. 그 너머로 어른거리는 그림자 - 그리고 노랫소리. 새로운 국면은 소녀들의 피가 흐르는 노래와 노래의 격돌에 의해 막을 연다.
