밤바다 이상한 소리가 들린다는 저택을 찾게 된 나츠메. 나츠메는 그곳에서 관에 갇힌 어린 소년 ‘카이’를 구해낸다. 그리고 소년이 떨어뜨리고 간 명찰을 찾아주려는 과정에서, 카이가 요괴로 의심되는 누군가에게 쫓기고 있다는 사실을 알게 된다. 카이 역시 자신을 도와주려는 나츠메와 타키에게 호감을 느끼고, 세 사람은 방과 후에 곧잘 어울리며 친한 사이가 되었다. 그러던 어느 날, 갑작스럽게 도끼를 든 요괴가 나타나 이들을 공격하게 되고, 요괴를 피해 달아나던 나츠메는 우연히 마주친 나토리에게서 사실은 카이가 요괴라는 사실을 듣고 충격에 빠진다.
