Dziewięcioletnia, niepełnosprawna dziewczynka Hayate Yagami zawiera umowę z inteligentną bronią o nazwie Księga Ciemności. W wyniku tej umowy czterej rycerze Belkan: Signum, Vita, Zafira i Shamal pojawia się przed Hayate, aby spełnić zadanie wypełnienia stron Księgi Ciemności poprzez uchwycenie magii z różnych źródeł. Z chwilą, gdy strony Księgi zostaną wypełnione, jej mistrz, Hayate, będzie mogła wypowiedzieć jedno życzenie. Podczas gdy rycerze zapełniają strony Księgi Ciemności, Nanoha wraz z Fate usiłują ich powstrzymać i odzyskać Księgę z pomocą TSAB. Jednak pomimo ich wysiłków i ze względu na zamierzoną, ale nieudaną ingerencję Gila Grahama i jego chowańców, Księga Ciemności zostaje ukończona. Jednakże Księga traci panowanie nad sobą mimo życzenia Hayate. Dzięki wspólnemu wysiłkowi Hayate, Fate, Nanohy i ich sprzymierzeńców udaje się pokonać Księgę i później zniszczyć ją całkowicie.
