Po sukcesie w Camelot Singularity, Ritsuka Fujimaru i Mash Kyrielight zostają przydzieleni do ostatniej osobliwości w inicjatywie ,,Wielkiego Porządku". W starożytnej Babilonii, 2500 p.n.e., podejmują misję zapewnienia przetrwania ludzkości. Po przybyciu dowiadują się, że trzej bogowie zagrozili ,,Uruk", babilońskiemu miastu rządzonemu przez króla Gilgamesza. Ritsuka i Mash muszą współpracować, aby odeprzeć inwazję tajemniczych bestii w Uruk pod rozkazem Gilgamesza, badając jednocześnie prawdziwą naturę działań trzech bogów przeciwko ludzkości, ale w tym czasie nieznana starożytna istota powoli powstaje ze snu.
