A história passa-se durante junho de 1983, numa aldeia rural fictícia chamada Hinamizawa, que tem a população de aproximadamente 2000 habitantes. A personagem principal da série, Keiichi Maebara, muda-se para a aldeia e torna-se amigo das suas colegas de turma: Rena Ryuugu, Mion Sonozaki, Rika Furude e Satoko Hoojoo. A aldeia de Hinamizawa, aparentemente é normal e pacífica. Entretanto a tranquilidade termina quando é iniciado o festival anual Watanagashi, que comemora e agradece ao deus local, Oyashiro-sama. Keiichi fica a saber que no dia do festival, nos últimos quatro anos, uma pessoa é assassinada e outra desaparece e nunca mais é vista. Começa então a investigar os estranhos acontecimentos que envolvem o festival Watanagashi e o deus Oyashiro-sama. Em cada arco da história, um dos amigos torna-se paranóico e comete os crimes. Geralmente os crimes envolvem o assassinato dos seus próprios amigos.
