Коді Джонс створює часове вікно та відправляє Черепашок і Сплінтера в XXI століття. Однак Вірал, який пережив поразку, зламує часове вікно та розкидає Черепашок і Серлінга (який потрапив у вікно випадково) у різні епохи. Вірал атакує Сплінтера, розбиваючи його на незліченні байти даних, розкидані по Інтернету. Серлінг і Черепашки повертаються й беруться відновити Сплінтера. Для цього вони оцифровують себе та входять у кіберпростір. Вірал створює собі втілення в формі КіберШреддера та намагається втекти в реальний світ. У фіналі сезону Сплінтер перекомпілюється і повертається в реальність. Черепашки, Сплінтер та інші герої вирішують відсвяткувати весілля Ейпріл і Кейсі. В цей час КіберШреддер вривається до реального світу з армією кіберніндзя. В розпал битви Донателло знищує КіберШреддера і весілля успішно продовжується, за чим спостерігають також інші персонажі.
