在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。 世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。 警方称之为——未知生命体（Unknown）。 与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。 津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。 但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士AgitΩ。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。 随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，AgitΩ在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。 就像播下的种子般，总有一天会发芽。 由人类所化身成的AgitΩ们如雨后春笋般出现了。 心急于抹杀这些AgitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地命令未知生命体杀害特定的人类。 不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。 但是遭到AgitΩ与人类们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再听从他的孩子——人类，要将世界重造。 要相信人类到什么程度呢？ 人类，到底有多少可能性呢？
