小软与Z2大战，结果却被Z2召唤的巨型植物束缚，最终也被闪焰队控制。布拉塔诺博士、玛农、莎莉娜在火箭队三人组的帮助下前往弗拉达利实验室，寻找哈力君。弗拉达利告诉艾岚，让他搜集超级进化能量其实是为了控制基格尔德。弗拉达利企图控制小智跟他的甲贺忍蛙，以便学会牵绊现象，但小智和甲贺忍蛙凭借强烈的羁绊挣脱束缚。希特隆和希特洛伊特打败了阿可碧和芭菈，并潜入密阿雷道馆。艾岚和弗拉达利决裂，让喷火龙救下小智其它的宝可梦，与小智并肩作战，共同对抗弗拉达利。弗拉达利告诉艾岚和小智自己的过去和想要建立新世界的原因。
