Die Schülerin Ryuko Matoi wechselt auf die Honnouji-Akademie, eine Oberschule, die von der furchteinflößenden Schülervertretung regiert wird, deren Goku-Uniformen ihnen übermenschliche Kräfte verleihen. Auf der Suche nach Hinweisen auf den Mörder ihres Vaters trifft Ryuko auf die Schulsprecherin Satsuki Kiryuin, der sie erklärt, dass sie den Besitzer der anderen Hälfte einer riesigen Schere, welche sie bei sich trägt, sucht. Allerdings wird Ryuko schnell vom Leiter des Schul-Box-Clubs, Takaharu Fukuroda, besiegt, welcher über eine Zwei-Sterne-Goku-Uniform verfügt. Sie zieht sich in die Ruinen ihres niedergebrannten Hauses zurück und beklagt ihre Niederlage, als ihr Klassenlehrer Aikuro Mikisugi eine Falltür auslöst und sie so in einem geheimen Keller ihres Vaters landet. Dort trifft sie auf eine lebendige Schuluniform, welche sich kurzerhand ihres Körpers bemächtigt.
