10 ปี หลังจากการต่อสู้เพื่อส่งฟาโรห์, เด็กหนุ่มชื่อ "ยูกิ จูได" ได้เดินทางมาสอบเข้า "ดูเอลอคาเดเมีย" ซึ่งเป็นโรงเรียนที่สอนเพื่อให้นักเรียนนั้นกลายเป็นดูเอลลิสต์ที่มีความสามารถ ที่นั่นจูไดได้ต่อสู้มากมาย เพื่อไล่ตามความฝันของเขา เพื่อให้ได้เป็น "Duel King"
