Mikan Sakura è un'allegra e innocente bambina di 10 anni che vive in campagna con suo nonno. Mentre si prepara a salvare la sua scuola dalla demolizione, si ricorda di quando ha incontrato la sua migliore amica, Hotaru, un anno fa dopo che la ragazza si è trasferita al villaggio. Mentre le due litigano costantemente a causa delle loro personalità opposte, Mikan e Hotaru tengono profondamente l'una all'altra, vicine come sorelle. Mikan scopre che Hotaruu si sta trasferendo per andare in una scuola d'elite a Tokyo, cosa che sconvolge Mikan, ma si promettono di rimanere in contatto. Tuttavia, sei mesi passano con una sola lettera di Hotaru. Mikan viene a sapere che la scuola per cui Hotaru è partita si chiama Alice Academy, che accetta studenti con un'abilità unica chiamata "Alice" e tratta gli studenti come schiavi.
