Evangelion Unit-03 прибуває зі США. Однак експеримент з його активації пробуджує найстрашніший кошмар NERV, коли виявляється, що він був заражений Тринадцятим Ангелом. Інші EVA відправляються для боротьби з Unit-03, зараженим ангелом... навіть ризикуючи вбити його безпорадного пілота.